河源市博物馆成立于1982年12月31日。1988年6月，河源撤县建市，该馆划归源城区管辖，1993年1月由市政府接管后，改称现名。全馆占地面积1.8万平方米（含龟峰塔保护范围1.4万平方米）。新馆舍建于1986年10月，建筑面积1700平方米。

2018年9月，经过博物馆自评申报，省级博物馆行业组织评定，全国博物馆评估委员会组织专家复核，并报请国家文物局备案，中国博物馆协会决定同意河源市博物馆为第三批国家二级博物馆。